「臺灣」一詞於明朝泰昌元年（1620年）首次出現在公家文書，是音譯自南臺灣「西拉雅族」的「Taian」或「Tayan」及閩南語的「大員」，而非連雅堂主張的「埋冤」
「大員」一詞來自於南臺灣原住民西拉雅族的「Taian」或「Tayan」，為對「外來者」之稱呼；荷蘭人統治臺灣時期，荷蘭語稱為「Taioan」，漢人以音譯轉寫為中文的「大員」、「大苑」、「臺員」、「大灣」或「臺窩灣」，原本是指現今臺南安平地區附近的「外來者」，後來在滿清統治時期，演變成以北京官話發音的「臺灣」。
臺灣文史學家連雅堂當初錯誤認為：在明代的漢人移民，多數是從現今福建廣東、少部分從浙江渡過臺灣海峽來臺，臺灣海峽素有「黑水溝」之稱，天氣海流海象令早期移民渡海困難、九死一生，來臺之後可能因為水土不服、瘟疫傳染而死亡，無法生還故鄉，便以「埋冤」作為地名，本來是紀錄先民艱辛開墾的情狀，後來因為名字不吉利，而改成閩南語發音的「臺灣」。
根據歷史學家們的查證，「臺灣」一詞早在明朝泰昌元年（1620年）就首次出現於公家文書之上，明末何喬遠所著之《鏡山全集》中，也出現「臺灣」這個名稱，反而大量移民形成「埋冤」之地，卻是發生在清領初期，所以連雅堂的說法並不正確。
臺灣的漢字正式書寫為「臺灣」，而「臺」為正體字，可與俗體字「台」通用，但是現今民間與媒體多用「台灣」[24]，而在官方國書、文件中則使用正式的「臺灣」。
台北市政府在馬英九擔任市長推動「正體字運動」時，全面於機關的公文與文件都使用「臺」字；2010年中華民國教育部則在考據字源之後宣布，教育部公文一律使用「臺灣」名字，並建議中央其他部會跟進。
其實，俗體字「台」的發音為「 yi 」，意思和「怡」字相通。
圖：1626年葡萄牙人所繪荷蘭人在福爾摩沙（大員）台江內海一帶之活動
圖：《大員港市鳥瞰圖》，收藏於荷蘭米德爾堡哲烏斯博物館（Zeeuws Museum）
圖：1920年3月號《國家地理雜誌》介紹美麗島－福爾摩沙
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